Ο ΝΕΟΝ στηρίζει το Εθνικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης από το 2012, και έχει δεσμευθεί να συμβάλλει περαιτέρω στη λειτουργία και τη βιωσιμότητά του.

Το πρόγραμμα που είχε ανακοινωθεί το 2015 προϋπέθετε τη λειτουργία του Μουσείου, καθώς αναφέρεται σε πραγματοποίηση εκθέσεων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Η υλοποίηση των δράσεων αυτών θα επανεξεταστεί μετά την έναρξη λειτουργίας του ΕΜΣΤ.

Πριν ανοίξει για το κοινό το Μουσείο, μέσω του προγράμματος NEON Fund for EMST μέσω του οποίου από το 2012 έως το 2017, ο ΝΕΟΝ προσέφερε 50.000€ ετησίως για αγορά έργων επιλογής του Μουσείου για τον εμπλουτισμό της μόνιμης συλλογής του, από τις διεθνείς εκθέσεις Frieze Art Fair και Artissima.

Τα νέα αποκτήματα του μουσείου περιλαμβάνουν έργα των Mateo Lopez, Pak Sheung Chuen, Ανδρέα Αγγελιδάκη, Χαρις Επαμεινώνδα, Vlado Martek, Iran do Espirito Santo, Adam Broomberg & Oliver Chanarin, Joana Hadjithomas & Khalil Joreige, Francis Alÿs, CADU, Jeremy Deller, John Bock, Piotr Kowalski, Bertille Bak, Santiago Sierra, Olivia Mihălţianu.